El monitoreo hidrológico es fundamental para la gestión de los recursos hídricos, en los tres cuerpos de agua mas importantes que tiene el Sistema Hídrico TDPS (Lagos Titicaca, Uru Uru y Poopó), la ALT realiza el monitoreo de niveles (en tiempo real para el lago Titicaca y en estaciones convencionales para el Poopó y Uru Uru) y espejos de agua (a través de percepción remota), con el objeto de brindar información a los tomadores de decisión, para entender su comportamiento y programar acciones destinadas a la protección de los ecosistemas asociados.